Mestinya Majlis Masyaikh sesuai dengan prinsip Ahlul Halli wal ‘Aqdi, merepresentasikan secara adil dan proporsional semua jenis Pesantren yang diakui oleh UU Pesantren.

Keanggotaan Majelis Masyaikh yang ditetapkan oleh Menteri Agama yang berjumlah 9 tokoh, tapi baru terdiri dari satu jenis pesantren saja.

Majelis Masyayikh resmi menerbitkan Dokumen Penjaminan Mutu Pesantren, atau yang dikenal SPM Pesantren yang akan menjadi acuan induk penjaminan mutu